Jan urodził się 13 marca 1599 roku w Diest, miejscowości położonej na terenie dzisiejszej Belgii. Był najstarszym z pięciu synów w niezamożnej rodzinie. Ojciec był garbarzem, handlarzem skór i szewcem. Matka Jana, Elżbieta, była córką burmistrza Hadriana van den Hove. Mimo złej sytuacji materialnej, przez pewien czas rodzice opłacali jego naukę, ale gdy matka zachorowała, Jan musiał przerwać studia. Wtedy miejscowy proboszcz Piotr van Emmerick wsparł go finansowo; Jan mógł kontynuować rozpoczętą naukę. Bardzo wcześnie poczuł powołanie, jednak śmierć matki w 1616 r. i rosnąca bieda utrudniały mu pójście tą drogą. Dzięki bardzo ciężkiej pracy (poza nauką m.in. zarabiał posługując u pewnego kanonika) i pomocy różnych kapłanów zdobył wykształcenie w nowo utworzonym Kolegium Jezuitów w Mechelen. Należał do pierwszych alumnów. Był członkiem Sodalicji Mariańskiej (katolickiego stowarzyszenia religijno-społecznego zrzeszającego czcicieli Maryi).