Jan Beyzym urodził się 15 maja 1850 roku w Beyzymach na Wołyniu, w rodzinie szlacheckiej. Po ukończeniu gimnazjum w Kijowie w 1872 r. wstąpił do Towarzystwa Jezusowego (jezuitów). 26 lipca 1881 r. w Krakowie przyjął święcenia kapłańskie. Przez wiele lat był wychowawcą i opiekunem młodzieży w kolegiach Towarzystwa Jezusowego w Tarnopolu i Chyrowie.
W wieku 48 lat podjął decyzję o wyjeździe na misje. Prośba, którą 23 października 1897 roku skierował do generała zakonu jezuitów, o. Ludwika Martina, świadczy o tym, że była ona głęboko przemyślana: